Arlequin(人口遗传学数据分析的综合软件)

Arlequin是来自意大利的一款绿色免费，功能强大的人口遗传学数据分析的综合软件。Arlequin是意大利语“Commedia dell'Arte”的著名角色“Arlecchino”的法语翻译。其主旨是为群体遗传学的普通用户提供相当多的基本方法和统计检验，以便提取有关人口样本集合的遗传和人口统计特征的信息。图形界面旨在允许用户快速选择他们想要对其数据执行的不同分析。我们认为能够探索数据，从不同的角度分析相同的数据集，已经选择在Arlequin中实施的统计测试，以便最小化隐藏的假设并尽可能地强大。Arlequin具有丰富的功能和许多选项，并且免费提供的，您可能必须花一些时间来学习它们，但是上手起来相信并不是太困难，有需求的用户不妨下载使用。

功能特色

1、Molecular diversity(分子多态性)
2、Mismatch distribution(错配分布)
3、Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)
4、Linkage disequilibrium(连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联)
5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)
6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)
7、Fu`s neutrality test(Fu中性检验)
8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)
以上三个中性检验都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等)
10、Minimu Spanning Network(MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树,，基于分子差异)
11、AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构
12、Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)
13、Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)
14、Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)

更新日志

Arlequin v3.5.2.2更新：
1、新功能：
直接从DNA序列数据计算位点频谱，但仅基于次要等位基因频谱的SFS计算
2、错误更正：
无法打开批处理（.arb）文件
当（假设祖先等位基因0）在一个站点不存在时，SFS计算不良
由arlequin和fastsimcoal2生产的不同SFS（主要用于基于MAF的SFS）
如果文件名超过255个字符，则会出错
在arlequin日志文件中没有提到SFS计算